Pernille Aalund begyndte sin karriere som tv-vært på Børnekanalen på den københavnske lokal-tv-station Kanal 2, og blev senere vært på Vis mig dit køleskab derefter på TV3's talkshows Mænd ingen adgang og Pernilles Univers. Hun er en populær foredragsholder, og taler blandt andet om karriere, kønsroller, alder og succes.

Pernille Aalund var stifter af kvindeportalen Oestrogen.dk, der senere er blevet overtaget af Aller-koncernen. Aller Press A/S har desuden været Aalunds arbejdsplads, siden de valgte at udgive månedsmagasinet Q, som hun var både ide-kvinde til og chefredaktør på. Senere blev hun også chefredaktør på ugebladet Kig Ind.

Fra den 1. juni 2007 har Pernille Aalund byttet chefredaktørposterne ud med en stilling som direktør for alle Aller Press' magasiner. Ved siden af direktørposten er hun stadig tv-vært på QTV på Kanal 4 (Kvindekanalen).